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周宏伟/何彦等NC：6217名中国女性数据揭示，人型支原体感染或是阴道菌群失调的最大"元凶"Nature Communications——[15.7]
① 研究设计与对象：这项中国多中心队列研究纳入6217名育龄女性，并对部分受试者随访6个月，结合16S rRNA测序、性传播感染（STI）检测和液基薄层细胞检测（TCT），评估阴道菌群与STI及宫颈病变的关系。② 核心发现：人型支原体（MH）是与阴道菌群失调关联最强的STI，并混杂人乳头瘤病毒（HPV）与阴道菌群的关联，且MH感染与HPV阴性宫颈病变风险独立相关。③ MH主导菌群失衡：MH感染与菌群多样性升高、乳酸杆菌优势减少及厌氧菌富集相关，解释的菌群差异远高于HPV和其他STI，而HPV单一感染与菌群多样性或细菌丰度均无显著关联。④ 宫颈病变风险因素：在整体人群里，HPV是宫颈病变的首要风险因素；但在HPV阴性女性中，MH感染和高菌群多样性独立增加宫颈病变风险，纵向分析也支持此关联。⑤ 共感染与临床启示：比较总体、单一及共感染模型发现，在总体感染模型中观察到的HPV-菌群关联，与HPV-MH共感染模型的结果高度一致，而在HPV单一感染模型中消失，提示MH共感染是关键混杂因素，也强调在宫颈筛查和微生态干预中需纳入MH评估。
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Vaginal microbiome and sexually-transmitted pathogens in Chinese reproductive-age women: a multicentre cross-sectional and longitudinal cohort study
2025-11-14 , doi: 10.1038/s41467-025-64917-7
马骁驰/王超/霍晓奎等NC：肠道"益"真菌P4013B及其代谢物IEt，为治疗结肠炎提供新弹药Nature Communications——[15.7]
① 研究对象与方法：.通过炎症性肠病（IBD）队列宏基因组分析和结肠炎小鼠模型，探究肠道真菌葡萄牙棒孢酵母（Clavispora lusitaniae）P4013B菌株的抗炎机制。② 核心发现：P4013B通过其代谢产物吲哚-3-乙醇（IEt）激活芳香烃受体（AHR）信号通路，从而缓解结肠炎。③ 菌株鉴定：P4013B在IBD患者中显著耗竭；在常规、抗生素处理及无菌小鼠中定植P4013B活菌，均可改善结肠炎症状、炎症水平和肠道屏障功能。④ 关键信号：结肠转录组结合功能实验表明P4013B通过激活AHR通路发挥抗炎作用，该作用在敲除Ahr或加入AHR拮抗剂时丧失。⑤ 关键代谢物：通过AHR活性指导的分离策略，鉴定出IEt是P4013B代谢物中的关键AHR激动剂，能剂量依赖地激活AHR，并在野生型（而非Ahr敲除）小鼠中重现缓解结肠炎和修复肠屏障的作用。⑥ 关键酶与工程菌验证：鉴定出P4013B的丙酮酸脱羧酶是合成IEt的关键酶，构建高表达该酶的高产IEt的工程菌同样能有效缓解结肠炎。⑦ 益生元增效：通过草本多糖筛选，发现茶多糖可作为益生元显著促进P4013B的肠道定植并提高IEt产量，二者联用可增强抗结肠炎效果。
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Human intestinal fungus Clavispora lusitaniae attenuates colitis through Pyruvate decarboxylase-derived Indole-3-ethanol
2025-11-13 , doi: 10.1038/s41467-025-64914-w
潘雄飞/胡雅毅/郑钜圣等：中国大队列揭示，孕早期肠道菌群已预示妊娠期肝内胆汁淤积症风险EBioMedicine——[10.8]
① 研究设计与对象：基于中国大型前瞻性队列，纳入4956名孕妇，通过16S rRNA测序纵向分析妊娠期肝内胆汁淤积症（ICP）与肠道菌群关联，覆盖孕早、中、晚三期。② 核心发现：ICP患者肠道菌群多样性动态变化显著异于非ICP组，39个菌属（如UCG-005、Christensenellaceae_R-7_group）在孕早期与ICP风险相关，9个菌属在孕期持续显著关联。③ 菌群网络差异：ICP组微生物共现网络模块性增强、关联强度降低，关键驱动菌属包括UCG-005、Dialister等，提示菌群互作失衡推动疾病进展。④ 肝功能中介效应：孕早期肝功能指标，特别是丙氨酸氨基转移酶（ALT），介导了微生物与ICP的关联，UCG-005和Christensenellaceae_R-7_group对ICP的效应分别有27.08%和20.06%由ALT介导。⑤ 临床意义：孕早期肠道菌群特征可预测ICP风险，特定菌属与早产相关，提示早期菌群筛查及干预或为ICP防治新策略。
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Longitudinal alterations of gut microbiota associated with intrahepatic cholestasis of pregnancy: results from a large cohort study in China
2025-11-12 , doi: 10.1016/j.ebiom.2025.106008
Cell子刊：肠道菌群与自闭症，是"真因果"还是"死胡同"？（观点）Neuron——[15]
① 核心论点：本文批判性分析肠道微生物组与自闭症（ASD）关联研究，指出其核心证据存在概念和方法缺陷，无法支持因果关系。② 证据来源与局限：研究依赖人类观察、小鼠实验和临床试验三类证据，但均存在样本量小、统计方法不当、结果不一致等问题，形成“伪三角验证”，缺乏可重复性。③ 人类观察研究缺陷：微生物组差异研究受样本量不足、分析维度高、未校正多重检验影响，导致效应量极低（3%-5%），且差异可能源于饮食等混杂因素而非自闭症本身。④ 小鼠模型效度争议：行为测试（如社交实验、重复行为）缺乏人类自闭症核心症状的机制关联，且实验设计（如菌群移植）未充分考虑物种差异，关键研究因统计错误或样本过小被质疑。⑤ 临床试验缺乏证据：早期的开放标签试验易受安慰剂效应影响，而后续粪菌移植随机对照试验未发现疗效；对益生菌干预的多数荟萃分析，特别是最高质量的评估，均结论干预无效。⑥ 因果推断困境：现有数据无法区分微生物组差异是自闭症病因还是结果（如饮食偏好导致），且效应量过小，无法支撑因果解释。⑦ 领域反思与建议：作者呼吁提高研究严谨性，包括大样本合作、预注册验证及跨方法验证，否则该领域可能因缺乏进展而成为研究死胡同。
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Conceptual and methodological flaws undermine claims of a link between the gut microbiome and autism
2025-11-13 , doi: 10.1016/j.neuron.2025.10.006
Cell子刊：菌群与代谢研究二十年，如何突破转化瓶颈？（观点）Cell Metabolism——[30.9]
① 核心观点：本文探讨了微生物组与代谢研究二十年的转化瓶颈，强调必须从关联转向因果，从分类转向功能，才能实现精准干预。② 研究困境：尽管早期研究揭示了菌群与多种疾病的关联，但海量的“菌群失调”研究多为相关性，常混淆了药物（如二甲双胍 ）或适应性变化（如减重手术后 ）与病因。③ 动物模型局限：无菌小鼠模型虽提供了关键的因果证据（如代谢表型转移和代谢性内毒素血症），但其结果难以直接平移到复杂的临床环境中。④ 干预效果不佳：粪菌移植、益生元和益生菌等干预手段在人体试验中效果有限且高度异质，主要受限于个体基线菌群和生态定植抗性。⑤ 未来路径：研究重点应转向功能分析（如丁酸合成通路 ），并结合人工智能与多组学技术解析机制、预测响应，实现基于生物标志物的患者分层。⑥ 转化关键：要缩小转化鸿沟，还必须推行标准化的方法学，并开展结合真实世界数据的纵向队列研究，以确保结果的可重复性与适用性。
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From microbiome to metabolism: Bridging a two-decade translational gap
2025-11-13 , doi: 10.1016/j.cmet.2025.10.011
Nature子刊：脑瘤中的细菌信号，不是活菌却也不可小觑？Nature Medicine——[50]
① 研究设计与样本：该前瞻性多中心研究纳入243份患者样本（来自221名患者），含168份胶质瘤及脑转移瘤样本，采用严格的荧光原位杂交（FISH）、免疫组化（IHC）及空间成像技术，结合测序与培养方法，验证脑肿瘤（胶质瘤及脑转移瘤）中是否存在微生物信号。② 核心发现：脑肿瘤微环境（TME）内存在细胞内细菌成分（如16S rRNA及脂多糖），但标准培养方法未分离出活菌，提示这些微生物信号可能主要以碎片或非活跃形式存在。③ 微生物信号定位与分布：细菌信号存在于肿瘤细胞、免疫细胞及基质细胞内，呈非随机分布，且细胞内信号密度远高于细胞外（高出16至67.5倍），暗示其潜在生物学功能。④ 免疫代谢关联：空间分析显示，高细菌信号区域显著富集抗微生物特征（如TLR9和NF-κB通路）以及脂代谢和细胞应激相关特征，并与中性粒细胞浸润相关。⑤ 远端来源关联：肿瘤内的细菌序列与患者的口腔及肠道菌群存在重叠（在唾液样本中序列长度匹配度平均达79%），提示细菌信号可能源于远端菌群，而非原发肿瘤。
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Microbial signals in primary and metastatic brain tumors
2025-11-14 , doi: 10.1038/s41591-025-03957-4
Nature子刊：脑瘤菌群因肿瘤类型和位置而异Nature Cancer——[28.5]
① 研究设计与方法：本研究分析322例脑肿瘤样本，采用免疫组化、荧光原位杂交、16S rDNA测序、显微成像和细菌培养等多种方法，系统表征了脑转移瘤（BrM）与胶质母细胞瘤（GBM）的肿瘤微生物组特征。② 核心发现：脑肿瘤中检测到胞内活菌，BrM微生物组在物种丰富度和多样性上均显著高于GBM，并且肿瘤类型及肿瘤所在脑部特定位置均表现出独特的微生物特征。③ 物种与功能差异：BrM样本平均含12.5-13.5种细菌，而GBM样本平均仅7.8种；功能预测显示，BrM菌群富集了与肿瘤扩散和转移相关的通路（如多胺生物合成），而GBM菌群则富集了支持替代磷使用的通路，或能帮助细菌适应GBM的低磷微环境。④ 位置特异性分布：位于后脑区域（如枕叶和小脑）的BrM比位于前脑（额叶）的BrM具有更高的微生物丰富度和多样性，且在后脑富集的菌群（如Skermanella）具有更多维生素B1和B7的生物合成通路。⑤ 可能来源推断：BrM中的部分菌属可在对应原发癌中检测到，提示细菌可能随肿瘤细胞迁移入脑。⑥ 临床关联与功能：在BrM患者中，更高的细菌丰富度以及Paracoccus的存在与更短的总体生存期显著相关；体外实验显示，GBM常见菌属的部分细菌（如Bacillus）的条件培养基可增强胶质瘤细胞对替莫唑胺的耐药性，暗示脑肿瘤内细菌可能影响治疗反应。
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Characterization of the tumor microbiome of brain metastases and glioblastoma reveals tumor-type-specific and location-specific microbial signatures
2025-11-14 , doi: 10.1038/s43018-025-01073-3
CAR-T细胞治疗淋巴瘤，肠菌代谢物丁酸或能增效Clinical Cancer Research——[10.2]
① 研究对象与方法：本研究分析84例非霍奇金淋巴瘤（NHL）患者接受CD19 CAR-T治疗前的肠道菌群及代谢产物，结合临床数据探究其对疗效的影响，采用16S rRNA测序、短链脂肪酸（SCFAs）检测及体内外功能验证。② 核心发现：抗生素使用降低微生物多样性并削弱疗效，丁酸产生菌群丰度与治疗响应正相关，体内外实验显示丁酸可增强CAR-T细胞的细胞毒性及持久性。③ 抗生素负面影响：多线非预防性抗生素使用显著缩短无进展生存期（PFS），降低肠道菌群多样性，导致CD4+T细胞比例升高及IL-10水平上升。④ 菌群与疗效关联：响应者菌群富含产SCFAs的瘤胃球菌属、普雷沃菌属等，移植响应者菌群的小鼠生存期更长，血清丁酸水平可作为预后生物标志物。⑤ 丁酸增效机制：体外丁酸刺激提升CAR-T细胞CD69/CD25表达、细胞毒性基因及记忆表型，体内实验显示丁酸补充可显著抑制肿瘤生长。⑥ 临床转化潜力：丁酸作为无毒的后生元可优化CAR-T治疗，建议临床谨慎使用广谱抗生素并探索菌群调节策略以改善治疗结局。
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The Potential of the Gut Microbiota and Butyrate to Enhance CAR-T Cell Therapy in Non-Hodgkin Lymphoma
2025-11-13 , doi: 10.1158/1078-0432.CCR-25-1676
Lancet子刊：I期试验结果积极！双靶口服药SOR102，肠道局部狙击炎症Lancet Gastroenterology & Hepatology——[38.6]
① 研究设计与对象：该随机双盲I期试验评估口服双特异性抑制剂SOR102（抗TNF和IL-23p19单域抗体）在健康参与者和溃疡性结肠炎患者中的安全性、药代动力学及疗效，分为单次/多次给药和患者疗效评估三阶段。② 核心发现：SOR102显示良好安全性，未出现剂量限制毒性，且在溃疡性结肠炎患者中观察到初步疗效信号，支持其进一步开发为治疗药物。③ 安全性结果：健康组不良事件发生率（13%）与安慰剂组（25%）相当，患者组SOR102组（44%）与安慰剂组（50%）无显著差异，仅2例因病情加重终止试验但未归因于药物。④ 药代动力学特征：药物在肠道高效分解为活性单体，粪便中检测到高浓度单体，而血清浓度则普遍低于定量下限，提示药物以局部作用为主且全身暴露极低。⑤ 疗效初步证据：溃疡性结肠炎患者中，每日2次SOR102组56%达Mayo评分临床应答（安慰剂组17%），56%实现症状缓解（安慰剂组0%），且结肠组织活检亦检测到药物单体。
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Safety and pharmacokinetics of SOR102, an oral bispecific inhibitor of TNF and interleukin-23 in healthy participants and patients with ulcerative colitis: a first-in-human, double-blind, randomised, placebo-controlled, phase 1 trial
2025-11-13 , doi: 10.1016/S2468-1253(25)00296-1
Science子刊：革新食道癌筛查？可吞咽膨胀纤维胶囊3分钟无创采样Science Advances——[12.5]
① 研究对象与方法：开发一种可吞咽膨胀纤维胶囊，用于非内镜食道细胞采样，胶囊在胃液触发下膨胀后通过系绳回收，采用聚己内酯（PCL）、明胶和聚乙烯吡咯烷酮（PVP）等已获FDA批准用于医疗器械的材料制成。② 核心成果：在猪模型中，ExSph-Cap胶囊外壳可在约2分钟内溶解，基质随即快速膨胀，最终以约0.5N的低回收力在6秒内安全回收完整的食道上皮细胞，为食道癌筛查提供了非侵入性方案。③ 三种设计对比：在三种胶囊形态（HaSph-Cap、ExSph-Cap、ExCub-Cap）中，球形ExSph-Cap表现最佳，其体内回收力（0.5±0.1N）和回收时间（6±1s）均显著优于其他两种设计。④ 机械性能验证：ExSph-Cap基质断裂力达14.4N，远超回收所需力，其热熔接缝设计确保了操作的结构稳定性与安全性。⑤ 细胞采集质量：组织学分析证实ExSph-Cap采集了最密集的上皮细胞层，且免疫组化显示，仅球形胶囊能成功捕获含基底层标志物EPCAM的细胞。⑥ 临床价值：该平台有望实现3分钟内完成采样，成本低且无需镇静或内镜，适用于基层医疗和资源匮乏地区，结合生物标志物可提升食道腺癌的早期筛查效率。
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Swallowable expandable fibrous capsules for nonendoscopic sampling of esophageal cells
2025-11-12 , doi: 10.1126/sciadv.aeb3892
JAMA子刊：超加工食品或成早发性肠道腺瘤"加速器"JAMA Oncology——[20.1]
① 研究设计与对象：一项前瞻性队列研究纳入29105名美国女性护士，评估超加工食品（UPF）摄入量与50岁前诊断的早发性结直肠癌前病变的关联。② 核心风险关联：UPF摄入量最高组（最高五分位）的早发性传统腺瘤风险比较最低组升高45%（AOR 1.45），但这种关联在锯齿状病变中不显著。③ 关联稳健性：UPF与传统腺瘤的关联在不同组织学类型、息肉大小、恶性风险或解剖位置的亚组中均保持一致。④ UPF子类分析：在具体的UPF类别中，人工甜味饮料、酱料和调味品等与腺瘤风险增加有关，但没有单一食物类别能完全解释UPF的整体关联。⑤ 膳食摄入特征：在该队列中，UPF提供了34.8%的每日总热量，中位摄入量为每天5.7份，主要来源包括加工面包、酱料和含糖/人工甜味饮料。⑥ 结论与意义：研究提示UPF可能在早发性结直肠肿瘤发生中起重要作用，改善饮食质量是预防早发性结直肠癌的潜在策略。
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Ultraprocessed Food Consumption and Risk of Early-Onset Colorectal Cancer Precursors Among Women
2025-11-13 , doi: 10.1001/jamaoncol.2025.4777
垃圾食品如何损害记忆功能？Current Biology——[7.5]
① 研究对象与方法：本研究使用雄性小鼠模型，结合ORM任务、电生理与分子技术，探究高脂高糖饮食（HFD）如何通过内源性大麻素（eCB）系统损害记忆。② 核心发现：HFD导致小鼠长时程记忆巩固受损，其机制在于过度激活了海马区的大麻素受体CB1（CB1R）及下游的mTOR信号通路。③ 关键机制：HFD在训练后增强了海马区AEA（一种eCB）水平与CB1R表达，导致CB1R依赖的mTOR磷酸化异常升高，引发神经活动过度兴奋及突触可塑性异常。④ 干预时效不同：阻断CB1R或抑制mTOR均可挽救HFD记忆缺陷，但二者时效不同：CB1R拮抗剂仅在训练后立即注射有效，而mTOR抑制剂在4小时内注射仍有效。⑤ 细胞特异性：HFD的记忆损伤特异性依赖于海马谷氨酸能神经元上的CB1R，而非GABA能神经元上的CB1R。⑥ 通路总结：HFD通过“eCB-CB1R-mTOR”通路，特异性调控海马谷氨酸能神经元，最终损害记忆巩固，揭示了代谢紊乱导致认知障碍的新机制。
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Obesogenic diet impairs memory consolidation via the hippocampal endocannabinoid system
2025-11-13 , doi: 10.1016/j.cub.2025.10.049
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